臺灣大學人類學系「人類學博物館」典藏許多珍貴的民族學與考古學文物，承繼於臺北帝大時期成立之「土俗人種學講座」標本室，後轉為人類學系標本陳列室，位在當時暱稱為「洞洞館」的人類學系系館中，設有「考古學」與「民族學」兩個陳列室。人類學博物館於 2010 年 11 月在舊總圖西翼重新開幕，緊鄰校史館展廳，目前已開放「民族學展示廳」，「考古學展示廳」正募款籌備中。
重新開放的人類學博物館從專注教學、研究為主的小型專業標本陳列室，轉型成對大眾開放、具社會教育使命的大學博物館，並設定「部落合作」和「知識分享」兩大目標，透過年度部落合作策展，讓部落以自己的視角呈現自身文化傳統、使文物重新與部落產生新連結、增進大眾對原住民族文化的理解。也是臺大博物館群的一員。博物館亦透過導覽、教育活動、國內外學者演講和工作坊等，與大眾分享學者研究結果，促進知識流通與國際交流。
人類學博物館藏有民族學與考古學兩大範疇的實體標本與影音資料。民族學實體藏品共有五千多件，最早可追溯至 1895 年，當時在臺灣進行原住民研究的先驅之一伊能嘉矩所採集的珍貴藏品，如泰雅族的貝珠衣、平埔族群的雕刻和衣飾等。至 1928 年臺北帝國大學「土俗人種學講座」成立後，移川子之藏和宮本延人等學者以推展民族學研究為目的，開始系統性採集各族群的物質文化標本。考古學藏品可上溯自帝大「土俗人種學講座」時期至考古陳列室，歷經草創、茁壯、戰爭破壞、戰後復原等不同變遷，這些標本實已經成為臺灣最重要的文化資產之一。標本的主要來源為歷年田野調查、本系田野課程及執行各項研究計畫，從臺灣各史前遺址發掘或地表採集之陶器、石器、玉器、骨器、角器、牙器、墓葬資料、獸骨與貝（類）等文物，以及少數世界各地之標本。另有專供教學使用的體質人類學標本，包括重要人類演化化石模型、人體骨骼標本、猩猩骨骼標本等。人類學博物館透過不定期更換民族學常設展的展品與兩大範疇相關的特展，讓社會大眾能夠欣賞到這些珍貴的文物。民族學與考古學的影音資料則持續進行數位化修復和整理，本館藏品資料可使用臺灣大學典藏數位化查詢系統進行查尋。
人類學博物館一樓入口處左側為「考古學田野調查」與「民族學田野調查」照片牆，呈現從帝大時期到人類學系時期人類學系師生在臺灣各地進行人類學重要的研究方法之一的田野工作成果。
一樓往二樓的樓梯牆，則透過歷史影像介紹本系和博物館的歷史與特色。
進入二樓「民族學展示廳」前，地板上太平洋島嶼全圖搭配牆面海洋圖片與展示文物和說明，展現與海洋有密切關係的南島語族世界，提示觀眾即將進入同是南島語系民族的臺灣原住民族展示空間。進入展廳後，可以看到大型展櫃與 T 字型展示櫃中分別陳列各原住民族的物質文化藏品，保留部分陳列室時期的氛圍，除了留存歷史脈絡外，也呈現這些器物被收藏入庫時的時代氣息。邵族的獨木舟與達悟族的拼板舟則搭配大幅相片，讓觀眾能沉浸在脈絡中想像文物實際使用的樣貌。另有兩區以專題形式陳列各族群的陶器、石雕與木雕。其中石雕「排灣族望嘉部落阿盧夫岸（望嘉舊社）佳邏夫岸頭目（馬扎扎依藍）家雙面祖先像石雕柱（Paiwan tsuVungnalid jiushe Aluvuan mazezeginlan di Djialuvuan vinjian a leuga kejev kajilai）」及木雕「排灣族佳平舊社金祿勒頭目家四面木雕祖靈柱（na paiwan a kemasi kaviyangan na lja zingrur a pararulj）」已於 2015年登錄為臺灣原住民族國寶級古物。 「光影走廊」將時間緩緩延伸到當代，期待觸及關於文化延續與文化創新的思考。
人類學博物館搬遷至舊總圖西側後，因經費不足，尚無法建置考古學展廳，目前仍募款籌建中，期待和大眾一起建設完善的考古學展示場域，讓珍貴文物重見天日，展現臺灣豐富的史前史。
